注意：决赛地点伊斯坦布尔
新赛季的联盟杯赛制跟上届没有变化，也是由80支球队进行首轮主客场淘汰赛，然后获胜者分成8个小组进行单循环比赛，小组前3名加上冠军杯淘汰下来的8支球队组成联盟杯的32强，随后开始进行主客场赛制的淘汰赛，决赛采用一场定胜负的规则，最终的决赛定于明年5月20日在土耳其伊斯坦布尔进行，主办决赛的球场是费内巴切俱乐部的苏克鲁-萨拉科格鲁球场。
将参加资格赛首轮的球队有74支，其中包括了曼城、柏林赫塔这样通过公平竞赛排名拿到入场券的知名球队、而第二轮资格赛将包括11支在国际托托杯中获胜的球队，16支在冠军杯资格赛第3轮被淘汰的球队等总共80支球队参加，获胜的40支球队将进入正赛阶段的比赛，和包括AC米兰在内的其他40支球队争夺晋级小组赛的资格。
2008-09赛季欧洲联盟杯抽签日程：
2008年7月1日（瑞士尼昂）：资格赛第一轮抽签
2008年8月1日（瑞士尼昂）：资格赛第二轮抽签
2008年8月29日（摩纳哥）：首轮抽签
2008年10月7日（瑞士尼昂）：小组赛抽签
2008年12月19日（瑞士尼昂）：32进16，16进8抽签
2009年3月20日（瑞士尼昂）：1/4决赛、半决赛及决赛抽签
2008-09赛季欧洲联盟杯赛程：
资格赛首轮：2008年7月17日、7月31日
资格赛第二轮：2008年8月14日、8月28日
正赛首轮：2008年9月18日、10月12日
小组赛：2008年10月23日——2008年12月17/18日
32进16淘汰赛：2009年2月18/19日、2009年2月26日
1/8决赛：2009年3月12日、2009年3月18/19日
1/4决赛：2009年4月9日、4月16日
半决赛：2009年4月30日、5月7日
决赛：2009年5月20日
